La FCQ se guía por la misión de formar profesionistas de calidad en las áreas químico-biológicas y de materiales que, de manera innovadora, generen y apliquen conocimientos para resolver problemas sociales y económicos a nivel regional, nacional e internacional, siempre con responsabilidad social y respeto por el medio ambiente
Consolidarse como la institución estatal más prestigiosa en su campo, con reconocimiento nacional e internacional.
Asegurar y mejorar la calidad de la enseñanza, actualizando planes de estudio y fortaleciendo la formación docente para una oferta educativa pertinente.
Fortalecer y consolidar la investigación y los programas de posgrado, generando conocimiento innovador y aplicable que resuelva problemas sociales y económicos, impulsando el desarrollo sostenible.
Garantizar una gobernabilidad universitaria eficaz y transparente, promoviendo la corresponsabilidad y asegurando la autonomía bajo un marco de rendición de cuentas.
Fortalecer la interacción con la sociedad, mediante la difusión cultural, artística y deportiva, y la extensión de servicios que fomenten el desarrollo humano y social.
Impulsar un proceso de internacionalización integral e innovador, a través de la cooperación y colaboración, para desarrollar habilidades globales en la comunidad universitaria.
Incrementar la contribución al desarrollo social, creando un modelo de Responsabilidad Social Universitaria que integre equidad de género, sostenibilidad ambiental, ética y colaboración activa en proyectos comunitarios.